Se diferencia de otras especies del subgénero Amerhippus por tener el canino posicionado más atrás.
Con respecto al esqueleto postcraneal, en ambas especies es similar en morfología, pero es más pequeño y débil en Equus andium.
[1] Ambas presentan los metápodos laterales II y IV en una posición más posterior, y comparativamente más reducidos, lo que hace que sobresalgan muy poco del eje del metápodo.
E. santaeelenae habría tenido una dieta basada en hierbas estrictamente con metabolismo C4, como poáceas, lo que permite inferir un ambiente de llanuras o sabanas abiertas, sobre suelos arenosos.
Vivió hasta el final del Pleistoceno o el Holoceno temprano, por lo que convivió durante algunos milenios con las primeras oleadas humanas llegadas a América del Sur, es decir los primitivos amerindios.