Habitualmente eran consecuencia de una donación hecha por un monarca o señor, por motivos religiosos, pero también procedían de nuevos caballeros legando sus bienes a la orden al incorporarse como miembros o mediante adquisiciones y compras.
Los ocupantes de la encomienda (priores, comendadores, bailíos y caballeros, sargentos, capellanes) al ser religiosos (monjes, laicos en general), están sujetos a una regla, a pesar del aspecto militar de su actividad.
[3] Para gestionar todos estos bienes, los grandes maestres la confían a los caballeros «personas de mérito e integridad» que residían en la zona.
[2] En cada priorato había una «cámara prioral», cuyos ingresos se reservaban para el prior responsable de cada demarcación, y una encomienda magistral,[7] también llamada «cámara magistral», cuyos ingresos estaban reservados para del gran maestre.
Estos «lenguas» fueron originalmente siete: España, Provenza, Auvernia, Francia, Italia, Inglaterra y Alemania.
Esta reorganización se aplica después a las encomiendas,[9]a modo de «provincias» sanjuanistas (entre el gran maestre y los priores).