[1]​[2]​ Emilio se inició como pianista a los 5 años de edad, en 1927, y luego actuaría en diferentes orquestas como solista.

En 1959 su profesionalismo musical fue reconocido con la orden Vasco Núñez de Balboa, otorgada por el gobierno de Panamá en premio por su gran dedicación a difundir la música panameña.

Emilio inició su carrera guiado por su hermano y maestro, Salvador Muñoz, quien a la vez fuera inspirador del organista y pianista venezolano Tulio Enrique León.

Durante varios años fue artista exclusivo del canal televisivo venezolano Radio Caracas Televisión, participando como soporte musical en los espacios del animador Renny Ottolina.

Entre los artistas más destacados a quienes Emilio Muñoz les hizo acompañamiento muisical se encuentran: Joséphine Baker, Mona Bell, Domenico Modugno, Mina Mazzini, Katina Ranieri, Andy Russel, Pedro Vargas, Lucho Gatica, Daniel Riolobos, Daniel Santos, Marco Antonio Muñiz, María Luisa Landín, Charlo, Rosalinda García y el dúo Llamas Barroso, entre otros.