Posteriormente, pasó a ser juez en el Tribunal Supremo Administrativo de Viena, la capital del Imperio.
Monseñor Jozef Tiso, presidente del Gobierno autónomo eslovaco, fue depuesto.
En diciembre de 1939, Hácha entró secretamente en contacto con Beneš,[5] que se aprestaba a formar un Gobierno checoslovaco en el exilio con el apoyo de los Aliados, haciéndole saber que, junto con todo su Gobierno, se sentía solidario con la Resistencia exterior checoslovaca a los alemanes.
Beneš reaccionó a esta declaración afirmando que se habían franqueado las fronteras del oportunismo.
[7] La situación en el Protectorado se degradó rápidamente tras la sustitución de von Neurath, al que Hitler consideraba demasiado suave, por Reinhard Heydrich.
Durante un discurso retransmitido por radio, Hácha denunció a Beneš, afirmando que este era "el enemigo público número uno".
Sigue siendo una figura controvertida en la historia checa por su aparente ambivalencia y colaboracionismo forzado.