Fueron convocadas las elecciones por parte del presidente José María Plácido Caamaño para escoger a su sucesor presidencial, bajo la Constitución de 1884.
Flores no mostraba deseos de presentar su candidatura, ya que se encontraba en servicio como Ministro plenipotenciario de Ecuador en Francia, pero esta fue impuesta por Caamaño para continuar su proyecto político.
Los candidatos para estas elecciones fueron: Antonio Flores Jijón por el partido oficialista conservador, y los liberales Eloy Alfaro, Juan Montalvo a los que se sumaron 59 candidatos más.
[1] Antonio Flores Jijón triunfó con 29.555 votos, seguido de Alfaro con 777, Montalvo con 56, Manuel Ángel Larrea 50, Pedro Ignacio Lizarzaburu 34, Francisco Salazar 7, Camilo Ponce Ortiz 6, 136 votos para el resto de candidatos y 15 votos en blanco.
[4][5] Flores Jijón es el primer presidente del país hijo de un expresidente de la república, en este caso Juan José Flores.