Como ningún candidato obtuvo más de la mitad de los votos, correspondió al Congreso Nacional designar al presidente entre los tres candidatos más votados, siendo elegido Jaime Paz Zamora.
Políticos opositores denunciaron que estos certificados y también las cédulas de identidad entregadas se usarían para realizar un fraude electoral a favor del Movimiento Nacionalista Revolucionario (MNR).
Por otro lado, el único líder sobreviviente del período de la Revolución Nacional era Walter Guevara, cuya presencia en la fórmula del MNR establecía el vínculo entre esa generación histórica y la nueva, encarnada en Gonzalo Sánchez de Lozada.
El partido relativamente más afectado fue el MIN (los 2.760 votos anulados significaron 28,5% de su votación total).
Luego mucha discusión, la Acción Democrática Nacionalista (ADN) y el Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR) decidieron establecer el Acuerdo Patriótico, pacto a partir del cual se definió que Jaime Paz Zamora del Movimiento de Izquierda Revolucionaria (MIR) (tercero en la votación popular) y Luis Ossio (candidato a vicepresidente de Acción Democrática Nacionalista (ADN) que obtuvo el segundo lugar) ocupen los principales cargos del país en la elección de segundo grado en el Congreso.
Los acuerdos políticos también llevaron a la reforma de la Constitución Política del Estado, reduciendo el número de aspirantes a la presidencia en la elección en el Congreso a las dos fórmulas con mayor votación popular (evitando en lo posterior que el tercero llegue a la presidencia y que se nombre presidente y vicepresidente a candidatos de diferentes binomios) y estableciendo un límite de tres intentos de votación (al llegar al cual se otorgaría la presidencia al que hubiera obtenido la primera mayoría en las urnas).