Establecida en 1830 por orden del subprefecto de Moyobamba Don Damián Nájar, Nauta llegó a ser pronto el principal centro comercial de la selva baja del siglo XIX.
La ciudad es conocida actualmente por estar cerca de la confluencia de los ríos Marañón y Ucayali, lugar donde se forma el Río Amazonas.
Nauta, a mediados del siglo XIX, fue un pujante pueblo, principal puerto de la Amazonía en aquel entonces, habitado principalmente por inmigrantes riojanos, moyobambinos, españoles y por la etnia cocama; al crearse la factoría naval en Iquitos en 1864, Nauta pierde importancia, comenzando así una rápida decadencia.
Centros poblados Su territorio presenta una topografía ondulada con dos zonas fisiográficas bien definidas: la zona de altura o bosques de secano y la zona baja, llamado bajeal o barzas conformado por terrenos de islas del río Marañón.
En este distrito de la Amazonía peruana habita la etnia tupí-guaraní grupo Cocama-Amahuaca.