[1]​ Se desconocen los orígenes del cristianismo en Menorca, y en general en todo el archipiélago balear.

Ciertamente las islas ya tenían su propia organización eclesiástica en la segunda mitad del siglo V, como documenta la Notitia provinciarum et civitatum Africae, que contiene la lista de obispos convocados a Cartago por el rey vándalo Hunerico en 484.

El obispo residía en Iamo, ciudad situada en la costa occidental y que correspondía a la actual Ciudadela.

Por los escritos de Víctor Vitense se conoce a otro obispo de Menorca durante el siglo V, Macario, que en 484, junto con otros obispos, fue llamado a Cartago por el rey vándalo Unerico, donde sufrieron persecución y malos tratos por parte de los vándalos, que profesaban el arrianismo.

Durante los siglos VI y VII Menorca formó parte del Imperio bizantino.

Entonces, la presencia cristiana en Menorca se redujo a cautivos y comerciantes.

Con el comienzo del siglo VIII se inició un período de decadencia para las islas Baleares, que por su posición estratégica fueron disputadas por árabes, carolingios y normandos.

[1]​ Durante los cinco siglos en los que las islas de Mallorca y Menorca formaron una única diócesis, en muchos aspectos se manifestó un notable florecimiento.

Bajo la dominación inglesa, algunas iglesias pasaron al culto anglicano, y hasta se estableció una logia masónica en Mahón.

El siglo XIX estuvo marcado por constantes enfrentamientos políticos y luchas civiles que influyeron notablemente en la vida de la Iglesia.

Juan Torres y Ribas es el obispo que rigió durante más tiempo la diócesis de Menorca (1902-1939).

Según cifras oficiales, en el curso 2018-2019 se formaron cinco seminaristas en el Seminario Mayor diocesano.