La diócesis fue erigida poco después de la mitad del siglo VI por Brandán.Como todas las diócesis irlandesas de la época, la diócesis de Clonfert también tenía jurisdicción tribal, precisamente sobre el clan Hy Many, y una estructura monástica: a la cabeza había un abad, que también dirigía la escuela monástica, pero que no siempre estaba consagrado obispo.La diócesis prosperó gracias a las ricas donaciones de los miembros del clan Hy Many, hasta tal punto que en 1392 el obispo debía a la Curia romana la suma de 300 florines de oro, mientras que su metropolitano en Tuam debía pagar a Roma sólo 200 florines.En el último tercio del siglo XIII la diócesis estuvo gobernada por un obispo italiano, Giovanni, durante unos treinta años.Hasta entonces la reforma querida por Enrique VIII de Inglaterra en 1534 no había impedido que el obispo católico Roland de Burgo, que tenía fuertes conexiones políticas, mantuviera su sede con todos sus ingresos hasta su muerte en 1580.
Antigua catedral católica de San Brandán, en Clonfert, hoy perteneciente a la Iglesia de Irlanda
