En la primera parte se hacen menciones hacia su figura o, simplemente, realiza apariciones esporádicas, sin apenas relevancia.
Danzō es representado como el despiadado, frío y amoral líder de Raíz, una organización secreta que protege y defiende la Aldea Oculta de la Hoja con técnicas subterfugias.
El mayor objetivo de su vida fue convertirse en Hokage, pero debido a que no gozaba del cariño del pueblo y que siempre había alguien por encima de él, Danzō se obsesionó con ello, incluso llegando a aliarse con criminales reconocidos como Hanzō u Orochimaru si le ayudaban en su objetivo.
Danzō se veía a sí mismo como una figura que cambiaría el mundo shinobi mediante su ideología, y por ello estaba constantemente en la búsqueda de mayor poder e influencia.
Danzō Shimura fue el mejor amigo y compañero durante su niñez de Hiruzen Sarutobi.
Sin embargo, siempre sintió un gran complejo de inferioridad hacia este, pues creía que por mucho que se esforzara y lo intentara, Hiruzen siempre estaba por encima de él.
Así mismo, asesinó al emisario que Tsunade le envió a Naruto Uzumaki para que regresara y ayudara a defender la aldea, ya que Danzō quería mantener a Naruto y al Zorro de 9 Colas, Kurama lejos de los Akatsuki.
Muy malherido, Danzō se corta su brazo izquierdo para evitar ser consumido por las células de Hashirama Senju.
Tras su brazo izquierdo, Danzō llevaba implantados varios Sharingan que con los años había arrebatado a los Uchiha, aunque más tarde en el manga se revela que dicho brazo era propiedad de Shin Uchiha, uno de los experimentos fallidos de Orochimaru en un intento por copiar genéticamente el Sharingan del clan.
Danzō dominaba también otros Elementos, como el Agua, Fuego o Tierra.