Aunque originalmente apareció para sustituir temporalmente a Kakashi Hatake, después de este haber sufrido un desmayo al estrenar por primera vez el Mangekyō Sharingan en el rescate a Gaara, y hasta ahora toma una gran responsabilidad como líder del equipo de Naruto, Sakura y Sai, posteriormente se ha unido al equipo como un líder adicional.

Kabuto Yakushi afirma que a través de él se pueden crear más clones de Zetsu blanco y que además puede brindar información sobre el nueve colas, y aunque Yamato se negara a hablar, Madara podría controlarlo con su sharingan.

Fue puesto en el árbol de células del primer Hokage para darle más poder a los Zetsus, dejándolo aparentemente muerto.

Físicamente, usa un protector especial, el cual le cubre los flancos de la cara y la barbilla (happuri).

Al estar borracho, Yamato tiene una apariencia muy cómica y habla de una forma nada apacible.