Originalmente cuando Orochimaru apareció lo hizo como una persona con una piel muy pálida, con un pelo de color negro que le llega hasta la cintura.

Jiraiya ha especulado que esto se debía al hecho de que sus padres murieron cuando él estaba en una edad muy joven, y cuando se muestran a menudo escenas retrospectivas durante su batalla con el Tercer Hokage habló en este sentido.

Tal vez porque quería ver a sus padres, o como medio de vengar sus muertes.

Otra razón podría ser que él fue testigo de primera mano la muerte del hermano menor de Tsunade, Nawaki, y su novio, Dan, y el dolor que dicha tragedia le causó.

Aunque había un número de seguidores que harían cualquier cosa por él, Orochimaru les trata como meros peones.

Sin embargo, cuando Kabuto fue lesionado con su Rasengan, Orochimaru pensó que Naruto se convertiría en una amenaza en el futuro y trató de matarlo.

Orochimaru también odiaba a su pueblo natal, primero, Konoha, y ha intentado varias veces para destruir la aldea.

Aunque aún deseaba apoderarse del cuerpo de Sasuke, dijo que no podía obtenerlo porque en esos momentos se encontraba débil.

Mientras pasaban los años, Orochimaru formó una gran amistad con Jiraiya, aunque no carente de rivalidad.

Uno de los diez sería su propio estudiante, Anko Mitarashi, ya que ella fue la única en sobrevivir.

Después de esto se sabe con exactitud que Orochimaru ingresó a la asociación akatsuki.

Durante la segunda fase de los exámenes, Orochimaru ataca a Sasuke para probar sus capacidades.

Durante la batalla, sin embargo, Orochimaru se ve forzado a tratar con Naruto Uzumaki.

Huye de la batalla, amenazando con regresar a destruir Konoha y con tomar un nuevo anfitrión para su alma.

Tsunade discute con su Jiraiya poco después de pelear junto a él y su aprendiz (Naruto Uzumaki) contra Orochimaru y Kabuto, por el puesto de Hokage, ya que a ambos se lo proponen pero Jiraya no acepta.

Tres años más tarde, Sakura, Naruto, Sai y Yamato van en busca del espía de Sasori, que resulta ser Kabuto, al puente del cielo y la tierra, Yamato disfrazado de Sasori va con el supuesto espía que el marionetista había mandado.

Orochimaru reaparece más adelante para apartar a Sasuke del equipo 7, Sasuke, queriendo hacer lo que sea necesario para hacer la muerte de Itachi Uchiha más fácil, acepta, y desaparece con su maestro.

Al ver esto, Orochimaru escupe algo de su boca, revelando su forma verdadera (Una serpiente blanca gigante conformada por más serpientes blancas), Sasuke ataca con su espada a Orochimaru que hace aparecer una dimensión dentro del Sannin y comienza a tomar el control del cuerpo del joven Uchiha, aunque este procura utilizar su sello maldito para detener el proceso, carbonizando la dimensión y atrapando al Sannin dentro de su cuerpo.

[13]​ Cuando Kabuto entra en el cuarto, encuentra a Sasuke célibe y la forma verdadera de Orochimaru desmembrada por completo.

Actualmente, Anko y Danzo buscan a Kabuto quien tiene o puede saber sobre los resultados de experimentos e investigaciones que hacía Orochimaru.

En los eventos de la actual Cuarta Guerra Ninja, Kabuto propone un pacto (anterior a la guerra) a Obito, haciendo que este último acepte mediante una exhibición de Edo Tensei (incluyendo un ataúd en particular cuyo contenido no fue mostrado en ese momento).

Posteriormente, Kabuto se refugia en una cueva para desde allí manejar a todos los ninjas resucitados.

Finalmente, Itachi llega al escondite de Kabuto y, junto a su hermano Sasuke, lo derrota usando un jutsu prohibido del Sharingan llamado, Izanami.

Luego de una serie de eventos, Sasuke se queda solo en la cueva (bueno, acompañado por un Kabuto inmerso en un bucle sin fin) y es hallado por sus antiguos camaradas Juugo y Suigetsu, habiendo este último conseguido un pergamino (cuyo contenido permanece desconocido) que quería entregar al joven Sasuke.

Luego de esto Orochimaru junto con Sasuke, Jūugo y Suigetsu llegan a su destino en un lugar desconocido en Konoha.

En el capítulo 618 del manga, se revela que Orochimaru conoce un método para liberar las almas atrapadas en el estómago del Sello Mortal de la Parca, logrando así recuperar sus brazos, y poder revivir a los cuatro primeros Hokages.

Posteriormente luego de ser atacado por Suigetsu y ser sostenido en el aire por Jugo, Orochimaru alarga su cuello y muerde al Tobi paralizándolo con un Sello Maldito, para luego ir hacia donde se encontraba Sasuke.

Aunque pasivamente, Konoha no confiaba del todo en el Sannin , enviando a Yamato para que lo vigilara constantemente fuera de su escondite.

Por el tiempo, el Sannin creó a un humano a partir de una serpiente y un recipiente de sake, donde lo nombró Mitsuki y lo tomo como su hijo, probándolo que decidiese seguir sus órdenes o irse libre.

Él fue capaz de mantener una lucha con Naruto Uzumaki con cuatro colas en la segunda parte, mientras que su cuerpo estaba en un estado debilitado, y a pesar del peligro impuesto, se encontró con la batalla muy entretenida.