Su físico cambia drásticamente al implantarse los genes de Orochimaru, pasando a poseer la piel serpentina blanquecina del Sannin, sus mismos iris con el ojo ofidio y las marcas alrededor del ojo.
Respecto a su personalidad, Kabuto es un sujeto extremadamente taimado y calculador, por lo que sus auténticas intenciones son difíciles de discernir.
En las ocasiones que revela su auténtica manera de ser, como en el enfrentamiento entre los tres Sannin, o contra Itachi y Sasuke Uchiha en Naruto: Shippūden, posee una actitud arrogante y artera, llegando a rozar la crueldad.
Kabuto se presenta como un veterano Genin que ha reprobado en varias ocasiones los exámenes de acceso.
Kabuto se enfrenta a Naruto, pero este consigue derrotarle con su técnica Rasengan; estos combates terminan de manera abrupta cuando llega Jiraiya, provocando que Orochimaru y Kabuto escapen para evitar mayores complicaciones.
Se desata un combate entre Naruto y Orochimaru; Kabuto le confiesa a Sakura mientras la sana que Akatsuki es el enemigo más peligroso.
Kabuto no reaparece hasta el arco de la Cuarta Guerra Mundial Shinobi.
Al principio, Obito se niega rotundamente a colaborar con él, pero finalmente Kabuto a modo de chantaje le saca un ataúd en particular con su técnica del Edo Tensei, el cual resulta contener el cuerpo real de Madara Uchiha, del cual solo Obito conocía la ubicación real del mismo.
Kabuto se ha vuelto muy poderoso, sin embargo, Itachi afirma poseer una técnica capaz de detenerlo.
En ese momento, Orochimaru surge para revelarle la auténtica verdad: Danzō manipuló a Nonō, ordenándole su muerte mientras le hacía creer que el propio Kabuto era otra persona, es por eso que no reconoció a Kabuto antes de morir.
Tiempo después, Kabuto llega al campo de batalla donde se libra el enfrentamiento entre Madara y los demás shinobis.
Más tarde, cuando Madara finalmente logró proyectar el Tsukuyomi Infinito en la Luna, Kabuto junto con los que se encontraban allí quedaron atrapados en el Genjutsu para posteriormente ser atrapados y unidos al Dios Árbol.
El poder del personaje es reconocido por otros como Jiraiya, el cual reconoce que puede que incluso esté a su altura, incluso otro de los personajes principales de la obra, Kakashi Hatake, afirmó no ser lo suficientemente fuerte para derrotar a Kabuto.
En batalla nunca deja nada al azar y es capaz de analizar a sus adversarios en apenas instantes, sabiendo anticipar sus movimientos en casi cualquier circunstancia.
Su principal atributo son sus capacidades como médico, motivo por el cual Orochimaru quiso hacerlo su discípulo.
En el arco del enfrentamiento entre los Sannin, Kabuto revela unas destrezas médicas a la altura casi de la propia Tsunade.
Gracias a esto pudo perfeccionar el Kuchiyose: Edo Tensei, una técnica prohibida capaz de resucitar a los muertos, siempre y cuando se cuente con un humano vivo que sirva de «recipiente».
El propio Orochimaru, Kimimaro Kaguya, Sakon, Jirōbō, Kidōmaru, Tayuya, Suigetsu Hōzuki y Jūgo fueron los shinobis de los cuales obtuvo sus capacidades.
El Modo Sabio es una capacidad en la saga que permite al que la desarrolla aumentar de manera exponencial su fuerza física, su velocidad, su resistencia, etc. Su ninjutsu, taijutsu y genjutsu se vuelven más poderosos y pueden sentir chakra con mayor facilidad.