Así se originaron las Custodias de Chipre, Siria y Tierra Santa.

La presencia franciscana en Tierra Santa, que con diversas vicisitudes se mantuvo desde aquellos tiempos, adquirió estabilidad y carácter oficial de parte de la Iglesia católica en 1342, año en que el papa Clemente VI promulgó dos bulas papales: la Gratias agimus y la Nuper carissimae, en las que encomendó a la Orden Franciscana la «custodia de los Santos Lugares».

En 1347, los frailes se establecieron junto a la basílica de la Natividad, en Belén.

Hoy, la «Custodia de Tierra Santa» es encargada: Desde el nombramiento del padre Pierbattista Pizzaballa como custodio en 2004, la Custodia comenzó a subsanar la lejanía que aún subsistía respecto de la sociedad israelí, ya que hasta entonces la mayoría de los frailes no hablaban el idioma hebreo.

Como ningún custodio antes que él, Pizzaballa ha tenido acceso a los ministros y altos funcionarios israelíes, desde el primer ministro al jefe de los Servicios de Seguridad General.

Ha impartido una motivadora conferencia pública en idioma hebreo en la Universidad de Tel Aviv, reflexionando sobre la Iglesia católica y la Shoah.

[9]​ Fray Pizzaballa se refirió a la Iglesia en Jerusalén en los siguientes términos: La presencia de la orden franciscana en Tierra Santa es hoy considerada clave en el diálogo interreligioso.