Probablemente también exista una conexión fonética con cafourniau (del latín furnus, ‘horno’), una pequeña habitación al lado de la casa que sirve como «trastero oscuro».
En 1838, el geógrafo bíblico estadounidense Edward Robinson descubrió las ruinas de este lugar.
La antigua Cafarnaúm se presentó a los primeros exploradores como un lugar desolado y triste.
En 1866, el explorador británico capitán Charles W. Wilson identificó los restos de una gran sinagoga.
Estas obras tomaron un gran impulso bajo la dirección del franciscano Virgilio Corbo.
Más tarde, en 1968, las excavaciones fueron reanudadas por los franciscanos Corbo y Stanislao Loffreda, con la ayuda financiera del gobierno italiano.
Arqueológicamente quedó demostrado que la ciudad existía ya en el s. II a. C. el sitio no tenía ningún muro defensivo y se extendía a lo largo de la ribera del lago, de oriente a occidente unos 300 metros, mientras que de sur a norte llegaba a 150 m. Varios restos de este periodo se han encontrado bajo la gran sinagoga del s. IV d. C. descubierta en 1866; bajo la iglesia octogonal y particularmente en el área occidental.
Este patio abierto comunitario era el punto más amplio e importante, debido las condiciones climáticas de la zona, donde en verano la temperatura alcanza 35 °C.
Las piedras para moler y los hornos hechos de tierra refractaria, estaban siempre en el patio.
En torno al patio abierto había escaleras de piedra para ir a las terrazas.
El molino era un verdadero capital que era heredado de padres a hijos durante muchos siglos.
Los arqueólogos encontraron en 1968, en una zona llamada «isla sagrada», la que ha sido considerada «la casa de Pedro», construida a finales del período helenístico.
La estancia venerada, originariamente cuadrada, fue dividida en dos espacios rectangulares unidas por un arco central.
La peregrina Egeria que visitó Tierra Santa al final del s. IV escribió: En la segunda mitad del siglo V los bizantinos desmantelaron toda la isla sagrada para construir encima la iglesia octogonal, la cual permaneció en uso hasta el siglo VII.
Posteriormente este pasillo fue bloqueado y en el centro del lado oriental fue construido un ábside con una piscina bautismal, de la que se encontraron dos escalones a cada lado, y la salida del agua que se usaba en el rito.
En el pórtico era un motivo puramente geométrico con cuatro filas de círculos contiguos y crucecitas.
Bajo los gobernantes Omeyas de Damasco el sitio fue totalmente reocupado y tanto la sinagoga como la iglesia octogonal fueron abandonadas.
Algunas nuevas edificaciones se levantaron durante el siglo XII, pero la aldea en ese tiempo ya era un montón de ruinas.
La sala de oración mide 24,40 x 18,65 metros, con la fachada hacia el sur, mirando a Jerusalén (como era costumbre).