Esto motivó a los sacerdotes que componían el tribunal eclesiástico a someter el conflicto al conocimiento de los tribunales de justicia civiles, que tenían perfecta competencia en estos asuntos debido a que no existía una separación entre el Estado y la Iglesia.
La resolución de la Corte no fue reconocida por el entonces arzobispo de Santiago, Rafael Valentín Valdivieso, para quien esto suponía aceptar la competencia civil en asuntos eclesiásticos y, por tanto, desistió en reponer al sacristán en su cargo, rebelándose al fallo.
El caso era propicio para poner en una situación incómoda al presidente Manuel Montt, a quien el clero y los sectores más conservadores de la sociedad se oponían por su visión del Estado y la sociedad.
El presidente Manuel Montt se encontró con una disyuntiva: por un lado no podía oponerse a la ejecución del fallo de los tribunales de la República y, al mismo tiempo, comprendiendo que la situación favorecería a sus opositores que buscaban cualquier excusa para alzarse contra su gobierno, pidió, mediante su ministro Antonio Varas, a los eclesiásticos miembros del tribunal y al sacristán retirasen su querella contra el deán.
Por otra parte, con esto se da inicio al sistema de partidos, pues la discusión política se dará en torno a grupos claramente definidos y organizados y con un eje divisorio claro: la posición de la Iglesia en el Estado.