En 1961, el gobierno de Estados Unidos colocó misiles nucleares PGM-19 Jupiter en Italia y Turquía.

En respuesta a estos factores, los gobiernos soviético y cubano acordaron, en una reunión entre los líderes Nikita Jrushchov y Fidel Castro en julio de 1962, colocar misiles nucleares en Cuba para disuadir una futura invasión estadounidense.

El presidente estadounidense John F. Kennedy convocó una reunión del Consejo de Seguridad Nacional y otros asesores clave, formando el Comité Ejecutivo del Consejo de Seguridad Nacional (EXCOMM).

El 22 de octubre, Kennedy ordenó un bloqueo naval para evitar que más misiles llegaran a Cuba.

Estados Unidos acordó en secreto desmantelar todas las armas ofensivas que había desplegado en Turquía.

Una serie de acuerdos posteriores redujeron las tensiones entre Estados Unidos y la Unión Soviética durante varios años.

Nikita Jrushchov, líder soviético, ordenó que el despliegue bélico se realizara en modo secreto, en contra de los deseos del gobernante cubano Fidel Castro, quien había solicitado un despliegue público con fines de propaganda.

Los buques estadounidenses continuaban buscando navíos soviéticos en ruta hacia Cuba, ordenando por radio y comunicaciones navales su desvío en caso de hallarlos, pero ninguno de ambos bandos se atrevía a usar la fuerza para lograr sus fines, por temor a las repercusiones en otras partes del mundo, una respuesta militar en Europa o un ataque en Alemania.

aun al costo de desaparecer Cuba e iniciarse una guerra nuclear.

No obstante, en las negociaciones secretas estuvo excluido Fidel Castro, en tanto el gobierno soviético se negó a realizar consultas sobre el tema con el régimen de La Habana.

Este acuerdo se conoció más tarde, ya que Kennedy lo aceptó con la condición de no invadir Cuba ni apoyar grupo alguno con esa intención.

[26]​ En los primeros días de noviembre, el espionaje aéreo estadounidense mostró que buques soviéticos cargaban el armamento nuclear desplegado hasta entonces en Cuba, acreditando el cumplimiento del acuerdo del 28 de octubre.

Sin embargo, Estados Unidos mantuvo la presión sobre el régimen cubano por considerarlo un motivo de inestabilidad en la zona.

También produjo el aumento de los conflictos políticos e ideológicos que ya había entre Estados Unidos y la Unión Soviética.

[28]​ En un artículo escrito en esos días y no publicado hasta después de su muerte, el Che Guevara opinó alabando la actitud del régimen cubano y cuestionando a los gobernantes soviéticos durante la crisis: Curiosamente los principales protagonistas no duraron mucho tiempo después de esta crisis.