La Diputación y el Justicia de Aragón decidieron resistir al ejército real, pero la falta de apoyo fuera de Zaragoza para el empeño hizo desistir a los levantados y el ejército real entró en Aragón y en Zaragoza sin encontrar ninguna resistencia.
El rey mandó ejecutar al Justicia y a otros líderes del levantamiento y encarceló a otros que habían apoyado a los amotinados, como al Marqués de Villahermosa y al Conde de Aranda.
El rey pidió que, debido a sus otras responsabilidades y su estado de salud, se permitiera que las cortes fueran inauguradas y presididas por el Arzobispo de Zaragoza, Andrés de Cabrera y Bobadilla, prometiendo atender su clausura.
Las decisiones principales tomadas por estas cortes fueron: Los brazos también pidieron al rey que retirara a su ejército de Aragón y le concedieron un servicio de 700.000 libras jaquesas.
Su primera disposición fue nombrar Justicia de Aragón a Juan Campi, que era el regente del Consejo Supremo de Aragón y que fallecería a los pocos días, nombrando el rey después a Urbano Jiménez de Aragues.