[1] Felipe II había promulgado la Pragmática Sanción de 1567, también llamada Pragmática antimorisca, que prohibía a los moriscos que habitaban en el reino a utilizar el árabe, a celebrar los viernes, y los obligaba a llevar la vestimenta típica castellana, entre otras normas.
Por lo tanto, Felipe II decidió trasladar las Cortes Generales a Córdoba para llevar los asuntos de guerra de manera más cercana a su epicentro.
Nombró a Francisco Zapata y Cisneros corregidor de Córdoba para que realizara todos los preparativos y además, realiza la construcción de la Puerta del Puente, una antigua puerta islámica de las murallas que transforma al estilo renacentista con los escudos del rey con la ayuda del arquitecto Hernán Ruiz III.
[2] En abril de 1569, y alarmado con la revuelta, Felipe II nombra a su hermanastro Juan de Austria como líder del ejército traído desde Italia y el Levante español para derrotar a los insurgentes moriscos.
Desde Córdoba marchó hacia Écija, donde se reunió con el eclesiástico Luis de Torres, enviado por el papa Pío V, quien le propondría la creación de la Liga Santa, junto a la República de Venecia y los Estados Pontificios, contra el Imperio otomano.