El árido norte de la isla no estaba densamente poblado y los conquistadores encontraron poca vida local.
Mientras La Salle estaba en Fuerteventura (él y su grupo se habían quedado durante ocho días en su primer atraque), se produjo un motín en el barco donde permanecieron Béthencourt y sus hombres.
Mientras Béthencourt estaba fuera, La Salle hizo su segunda incursión en Fuerteventura, nuevamente utilizando el área alrededor de Corralejo.
Al estar Lobos situado a unos pocos kilómetros al noreste de Corralejo, se convirtió en una base conveniente para cazar las focas que eran una valiosas fuente alimento y pieles se usaban para hacer zapatos.
Corralejo aparece ya mencionado a finales del siglo XVI en los mapas que elabora Leonardo Torriani, un ingeniero italiano enviado por el rey Felipe II de España a revisar las fortificaciones de las Islas Canarias.
Corralejo como pueblo no existiría propiamente hasta el siglo XIX.
[4] Por tradición oral hay quien sostiene que la fundación de Corralejo se realiza en torno a 1810.
Por otro lado, hay quien diga que hasta 1850 no hubo constancia de pobladores.
Algunos pescadores tomaron iniciativa y, con sus ahorros, a medida que pasó el tiempo, fueron comprando terrenos donde hacer sus aljibes para el consumo familiar y para abastecer al ganado que también iban adquiriendo.
Se levantó en 1925 la Ermita de Nuestra Señora del Carmen (hoy desaparecida, reemplazada en los años 80 por una iglesia moderna), obra colaborativa de los majoreros unidos, con cada pescador del pueblo colocando su pieza.
Las dunas de Corralejo constituyen un lugar importante para la cría de especies esteparias y la reproducción del Calonectris diomedea y la Charadrius alexandrinus, declarado Important Bird Area por BirdLife International.