La mayoría de los historiadores actuales señalan que fue fundado en el año 1224,[1]​ aunque la tradición afirmaba que había sido fundado por Santo Domingo de Guzmán en el año 1218.

[2]​ Durante la Guerra de la Independencia Española las tropas francesas lo convirtieron en cuartel y quedó muy deteriorado.

La bula Virtute conspicuos, emitida por el papa Alejandro IV en 1260, recopiló, confirmó y amplió los privilegios que sus antecesores habían otorgado a los dominicos.

[13]​ Los frailes se trasladaron a su nuevo convento a principios del siglo XIV, y les concedieron 15 meses de plazo para trasladar al nuevo edificio sus pertenencias y los cuerpos sepultados en el antiguo convento.

[15]​ Por su parte, Sancho IV de Castilla, hijo de Alfonso X, les donó una plaza y los frailes dominicos compraron poco después otras huertas colindantes,[16]​ y continuaron siendo favorecidos por los siguientes monarcas, la nobleza, y la ciudad de Burgos.

En 1482, cuando en la capilla de Santiago, colateral a la mayor, se pretendía dar sepultura al comendador Juan de Valdivielso, la familia Cartagena, que ostentaba el patronato de la capilla mayor del templo y creía tener derechos, no sólo sobre la capilla mayor, sino también sobre las colaterales, intentó impedir el entierro valiéndose de gente armada y con tal violencia que algunas imágenes resultaron dañadas.

[35]​ Tras la retirada de los soldados franceses, el convento fue parcialmente reconstruido.

[41]​ También estaban obligados a asistir a las procesiones ordinarias y extraordinarias y la fiesta principal era la del primer domingo de octubre, que era celebrada con gran solemnidad.

[42]​ Tras la Guerra de la Independencia, la vida cofrade retornó a la normalidad, aunque en 1836, durante la Desamortización de Mendizábal la cofradía se vio obligada a abandonar el convento, junto con los frailes dominicos, y durante los siglos XIX y XX tuvo su sede en varios conventos e iglesias de Burgos.

[48]​ No obstante, numerosos historiadores señalan que dicho juramento nunca ocurrió.

[49]​ El historiador René Jesús Payo Hernanz señaló que:[50]​ El culto de la cofradía pasó a ser patrocinado por los dominicos,[51]​ que consiguieron que el papa Pío IV, mediante la bula Salvatoris et Domini Nostri, emitida el día 13 de abril de 1564, encargara oficialmente a dicha Orden la promoción de este culto, lo que esta acogió con entusiasmo.

[52]​ Los siguientes papas ratificaron esa aprobación y concedieron indulgencias a la cofradía y al convento de San Pablo de Burgos, donde tenía su sede.

[54]​ Desde Burgos, la cofradía, con el objeto de combatir los perjurios y las blasfemias, cruzó las fronteras de la península ibérica y se extendió por todo el mundo, especialmente en los territorios españoles del continente americano.

El escritor y académico Antonio Ponz consignó que «La iglesia del Convento de PP.

[67]​ Está documentado que el pavimento de la capilla mayor fue renovado en 1817 y, por última vez, en 1828.

[68]​ Las naves del templo estaban cubiertas de lápidas sepulcrales, al igual que el claustro.

Tras la retirada del ejército francés, las esculturas y pinturas que componían el retablo retornaron al convento de San Pablo y el retablo fue reconstruido, aunque sufrió modificaciones con respecto al anterior.

[81]​ Los miembros de dicha familia que recibieron sepultura en la capilla mayor fueron: En el presbiterio se hallaba colocada una pequeña sillería de coro destinada a los frailes, y la silla del padre prior del convento se encontraba cerca del altar de San Jacinto.

Sobre la reja que permitía el acceso al coro, se hallaba colocado un crucifijo de grandes dimensiones.

[95]​ Y teniendo en cuenta la estirpe o «dignidad» de la difunta, como señaló Castillas García, el sepulcro debió de ser una obra «notable», en opinión de diversos autores, por lo que tal vez su ubicación en el centro del coro conventual propició el que fuera destrozado en los avatares que sufrió el convento a lo largo del siglo XIX.

[97]​ En el recinto que ocupó esta capilla había estado en un primer momento la sacristía de la iglesia conventual.

Ambos cónyuges dispusieron la fundación de modo que «la capilla fuese relicario donde ninguno se enterrase».

[117]​ El retablo era «grande y hermoso» y en sus quince tablas aparecían representados los quince misterios del Santo Rosario, y en el centro estaba colocada una escultura de la Virgen del Rosario, aunque la cofradía todavía conservaba la imagen procesional de la Virgen ejecutada por Felipe Bigarny.

[120]​ El patronato de la capilla correspondía a Andrés del Peso y a sus sucesores, pero en 1494 pasó a manos del mercader Antonio Melgosa y sus descendientes, que se comprometieron a abonar al convento dos florines de censo cada año,[120]​ aunque Andrés del Peso y su familia conservarían la propiedad sobre tres sepulturas llanas en el suelo de la capilla.

En esta capilla se recogieron, hacia 1870, los siguientes restos, aunque desaparecieron:[124]​ También proceden de la capilla de San Luis Beltrán dos estatuas orantes, que probablemente correspondan a Pedro López del Río y a su esposa, y dos arcángeles que se conservan en el Museo de Burgos.

La sacristía estaba decorada con varios lienzos en los que aparecían representados los martirios de varios santos, y que fueron ejecutados por el monje cartujo Diego de Leiva.

Una escalinata monumental, edificada a base de piedra de Hontoria a mediados del siglo XVI, partía del claustro bajo y permitía el acceso al claustro superior.

La distribución de las figuras en el frontal está supeditada al diseño arquitectónico, ya que todas las escenas se encuadran por columnas y están coronadas por doseles calados.

El frontal se divide en dos cuerpos, y en cada uno de ellos hay tres calles.

La escena central del cuerpo superior es la Presentación en el Templo, y a sus lados aparecen la Adoración de los Reyes Magos y la Matanza de los Inocentes.