En ese entonces fundaron un colegio e iniciaron la catequesis de los indios.
Los primeros jesuitas que Ignacio envió a América fueron el español san José de Anchieta y el portugués Manuel da Nóbrega.
Cincuenta años más tarde ya tenían colegios por el litoral, de Santa Catarina a Ceará.
Cuando fueron expulsados en 1759, había 670 por todo el país, distribuidos en aldeas, misiones, colegios y conventos.
No se pueden olvidar a Leonardo Nunes, Vicente Pires o el padre João de Azpilcueta Navarro.
Varnhagen nos dice que este fuera inmediatamente mandado para Puerto Seguro, capitanía donde estaban los mejores intérpretes de la lengua tupi, tal vez aún - en avanzada edad?
- algunos de los allí dejados por Cabral y después por la primera armada exploradora.
Simão Rodrigues nos cuenta que en 1555 "se hallaban en toda la Provincia 26 sujetos de la Compañía, cuatro en Bahía, dos en Puerto Seguro, dos en el Espíritu Santo, cinco en Son Vicente y 13 en Piratininga."
La disputa entre Garcia d´Avila, señor de la Casa de la Torre, que en 1669 destruyó residencias y aldeas en el sertão y el padre Jacob Roland, misionero jesuita entre los tapuias, ilustra bien la tensión.
Las Cartas Ânuas del periodo (1690-1693), en los Catálogos (1679-1694) y otras se encuentran abundantes referencias a las aldeas de los tapuias (pagi tapuyarum).
Además del Colegio de Salvador, establecieron, inmediatamente, residencias en Puerto Seguro y Ilhéus.
A partir de estos puntos, crearon varias aldeas en sus vecindades.
Los jesuitas, a su vez, crean en la aldea de Nuestra Señora de la Asunción (en Camamu) un ingenio que se estaba en construcción en 1604 y sería destruido por los holandeses en 1640.
El episodio más grave, en 1640, quedó conocido como «la botada de los padres fuera» que duró muchos años.
Fue importante el papel del bandeirante Fernão Días Padres, cuyo hermano fue el Padre João Leche de Silva, celebrado por sus virtudes, instrucción, letras y celo apostólico.
Eran frecuentes, de hecho, en la colonia, dissídios entre las autoridades del Reino y las eclesiásticas.
Con gran fortuna, Leonor ayudó a erigir en piedra y cal la torre del Colegio, mientras que la hija se encargó de la fachada.
La Compañía de Jesús continúa activa en el trabajo misionero y en la educación, hoy día.
Dos movimientos religiosos fueron promovidos por los jesuitas: el Apostolado de la Oración y la Congregação Mariana.
Actualmente, los jesuitas son más conocidos en Brasil por su trabajo en el área de la educación.
Los colegios jesuitas son tradicionales y reconocidos centros de enseñanza.