Es conocida mundialmente por ambientar las novelas de Jorge Amado, famoso escritor bahiano, como Gabriela, Clavo y Canela.

En 1754, Portugal terminó con el sistema de capitanías hereditarias y el territorio volvió a manos del rey.

Por esta época llegaron a Ilhéus desde Pará, semillas de cacao, plantadas por el francés Louis Frédéric Warneaux en la hacienda Cubículo, en las riberas del río Pardo, hoy municipio de Canavieiras.

Los colonos alemanes llegados a la región en 1821 extendieron con éxito la plantación comercial de cacao.

La población creció en forma explosiva y la región cambió, a la vez que en la ciudad se construían casas bellas, hoteles e importantes edificios públicos, como el Palacio doel Paranaguá, que abriga actualmente la Prefectura y, como la sede de la Asciación Comercial de Ilhéus[3]​ En 1924, comenzó la construcción del puerto de Ilhéus com recursos propios de los empresarios cacaoteros y una vez se concluyó las exportaciones de cacao se hicieron directamente desde la ciudad, aumentando su importancia comercial y cultural y atrayendo nuevas migraciones.

Ilhéus renació gracias al turismo, al aporte cultural social de Jorge Amado,[4]​ a la instalación de proyectos industriales y al surgimiento del polo de informática, actividades para las cuales la ciudad y la región aprovecharon la infraestructura que ya poseían.

En cuanto a la agricultura, además el cacao, hoy existen plantaciones de palma aceitera.