Notable fue la ayuda que prestó a los estudios de matemáticas el mariscal Gamarra, inicialmente como prefecto y gestor del establecimiento del Colegio y luego, como presidente al visitar Cusco en 1830.
Durante la Confederación Perú-Boliviana quedó reducido el plantel a la enseñanza de artes y oficios.
Se reabrió en ese lugar el 10 de septiembre de 1842 en los terrenos que fueron donados por la Orden franciscana en Cusco y que se ocupan hasta la actualidad.
[10] Notable fue la labor que efectuó el director, Francisco Pacheco, en los periodos de 1831-1834 y 1842-1845.
Esa insignia perdura hasta la actualidad y sirve también como escudo del Club Cienciano.
[13] Afirmar que “el símbolo es el burrito porque los primeros ciencianos de la antigua nobleza venían al colegio en sus burritos y lo dejaban a la entrada del colegio” es un mito urbano.
En el Cuzco colonial, a los estudiantes del Seminario (y luego colegio) San Antonio Abad los apodaban cerdos en contraposición con los estudiantes del colegio de san Bernardo, a los cuales les decían burros.