Planta basilical, con 3 ábsides en la cabecera y con tres naves, de cubierta única a dos aguas.Se accede a la iglesia por las portadas románicas de las fachadas oeste y norte.Un altar menor es presidido por una obra escultórica de Santa Ana, la Virgen y el niño Jesús.Las galerías cubiertas están limitadas hacia el patio por una arcada, formada por un solo cuerpo que conserva gran parte de su tracería gótica tardía.Contienen unas cuantas tumbas de tipo arcosolio fechadas desde la Edad Media hasta el siglo XIX.En la segunda mitad del siglo XVI, la cuestión del patronato Real dio lugar a un largo pleito entre Felipe II y el Prior y Canónigos de Junquera de Ambía, que fue resuelto a favor rey.Felie II nombra y envía en 1594 al prior Don Martín de Córdoba (1594-1620).Funda obras pías en favor de doncellas huérfanas y pobres, estudiantes necesitados.A sus fundaciones, la iglesia y el cabildo les dotó con varias rentas según su testamento.Después de él los priores no residieron en los pazos priorales, que fueron alquilados a los Administradores y Alcalde Mayor.No obstante, la nueva parroquia es de primera categoría pues su plantilla incluía abad párroco, ecónomo, coadjutor, beneficiados y sacristán, aunque se extinguió el cabildo colegial (la colegiata).Después, en 1928, se cede a la Orden Mercedaria, que dirigió la parroquia hasta noviembre de 2003.
Fachada occidental de la Colegiata de Junquera de Ambía.
