Esta fábrica mozárabe parece se arruinó definitivamente en 1102 y debió de ser en esta fecha cuando se comenzó la iglesia románica actual, una de las primeras de Cantabria, aunque el claustro parece ser muy posterior, del siglo XVI.

En este claustro hay una importante colección de sarcófagos, algunos bellamente decorados.

Hay uno muy llamativo por la riqueza de sus relieves, ya góticos, del siglo XIII.

En el lomo de su tapa aparece una larga espada e inscripción del año 1231.

Aparece la concha del peregrino a Santiago, lo que hace pensar que pudiera tratarse de algún infante o noble que de camino a Compostela pasó por el monasterio, donde encontró la muerte.