El equipo onubense consiguió vencer en las dos primeras jornadas a extremeñas y gallegas y asegurarse el primer puesto del grupo, lo que le valió para jugar las semifinales de la LF-2 ante el Universidad del País Vasco (con el que había perdido sus dos enfrentamientos en la liga regular) para lograr ascender a Liga Femenina.
El equipo andaluz consiguió vencer al guipuzcoano por 76-66 y logró una plaza para la máxima categoría del baloncesto femenino español para la siguiente temporada.
Los fichajes más importantes fueron el de la polaca Joanna Walich y la camerunesa Amina Njokou.
Conquero iniciaba el campeonato en la cancha del peligroso Spar Uni Girona (que acabó como tercer clasificado en las dos últimas temporadas); contra todo pronóstico, el equipo onubense superó al gerundense (58-61).
No obstante, la irregularidad fue la tónica dominante durante la temporada ya que se perdieron los 3 partidos siguientes y se consiguió vencer al vigente campeón Perfumerías Avenida, que cosechó en Huelva su primera derrota de la temporada.
El periodo navideño fue convulso en la secretaría técnica del CB Conquero; si Tea Buzov ya había sido cortada y sustituida por la serbia Nina Bogiceviv, las siguientes bajas fueron las de la danesa Tryggedsson y la internacional Cindy Lima, que no pudo alcanzar las expectativas previstas debido a su lesión de espalda.
Tanto cambio no sentó bien al Conquero, que empezó la segunda vuelta con solo una victoria en siete encuentros, solo a dos partidos de los colistas Zamarat y Bizkaia GDKO; el fantasma del descenso se esfumó tras la consecución de tres victorias consecutivas (hasta entonces, mejor racha del club en Liga Femenina), para acabar el campeonato en décima posición con 9 triunfos y 13 derrotas.
En cuanto a las contrataciones, las norteamericanas Aja Parham, Chelsea Davis y Adaora Elonu (esta última, internacional por Nigeria); junto a las españolas Lucila Pascua (que llegaba de lograr la medalla de plata con la selección en el Campeonato del Mundo), María Pina y María Asurmendi; y la serbia Aleksandra Stanacev serán las encargadas de dirigir el proyecto conquerista.
Más gente aún atrajo la última jornada de la temporada 2012-13 ante el Cadí ICG Software.
La afición onubense al baloncesto y unos populares precios han conseguido un Andrés Estrada lleno en la mayoría de los enfrentamientos del equipo andaluz.