Se ubica en ambas orillas del río Struma en el valle Pernik, entre las montañas Viskyar, Vitosha y Golo Bardo.

Originalmente fue el lugar de una fortaleza Tracia fundada en el siglo IV a. C., y más tarde sitiada por romanos.

El nombre "Pernik" tiene su posible origen en el dios eslavo Perun, con el sufijo -nik (o -ik) añadido, y se menciona por primera vez en el siglo IX.

La ciudad medieval fue un bastión clave búlgaro durante las guerras del zar búlgaro Samuel contra el Imperio bizantino en el siglo XI, cuando se rige por el noble Krakra de Pernik, resistiendo asedios bizantinos en varias ocasiones.

En el siglo XX Pernik se desarrolló rápidamente como un centro para la minería del carbón y la industria pesada.