El equipo fue fundado en 1948 y se afilió a la Asociación de Fútbol Chipriota en 1953.Durante las décadas de los 70 y 80 el Omonia fue el equipo más laureado de Chipre, ganando seis veces consecutivas la liga (desde la temporada 73-74 hasta la temporada 78-79), récord que ningún otro equipo ha conseguido igualar.Por el club pasaron jugadores como Sotiris Caiafas, bota de oro en el 76 con 39 goles, Spas Tsevizof y Gregory Savvas.Rainer Rauffamnn, quien llegó al club en 1997, fue el máximo goleador de la liga durante cuatro años y fue internacional con Chipre tras ganar la nacionalidad chipriota.Desde 1999 el equipo juega en el GSP Stadium, el estadio más grande de Chipre con capacidad para 22.859 personas sentadas.En el GSP Stadium también juegan el Olimpiacós de Nicosia y el APOEL, equipos rivales del Omonia.
Sotiris Kaiafas
es considerado el mejor jugador en la historia del Omonia, así como el mejor futbolista chipriota de la historia.
