La final se disputó en el Nacional Arena de Estocolmo, Suecia.

Todos los equipos clasificados están incluidos en esta lista, siempre y cuando no hayan sido prohibidas por la UEFA o no han logrado su apelación final con su asociación de fútbol en la obtención de una licencia.

El itinerario de la competición es el siguiente (todos los sorteos se realizarán en la sede de la UEFA en Nyon, Suiza, a menos que se indique lo contrario) Artículo principal: Anexo: Primera ronda previa de la Liga Europa de la UEFA 2016-17 Participaron en esta ronda 96 equipos.

En cada grupo, los equipos juegan entre ellos en partidos de ida y vuelta en formato de todos contra todos.

La fase final de la competición se disputa en eliminatorias a doble partido, salvo la final, jugada a partido único.

En estos encuentros rige la regla del gol de visitante, que determina que el equipo que haya marcado más goles como visitante gana la eliminatoria si hay empate en la diferencia de goles.

Debido al conflicto político entre Rusia y Ucrania; clubes de ambos países no se podían encontrar en esta ronda además de clubes del mismo grupo tampoco podían cruzarse en esta ronda.