Actualmente se desempeña en el Torneo Regional Federal Amateur, última división del fútbol argentino para los clubes indirectamente afiliados a la AFA.
Independiente nace en 1916,[6] como una escisión de la segunda división del Trelew Athletic Club, cuyos jugadores deseaban mayor autonomía.
La elección de los colores fue casual, puesto que no había a la venta otras camisetas por aquel entonces en Trelew.
En los primeros años defendieron el estandarte del Rojo, como se lo conoce popularmente, jugadores como Helguera, Lewis, Bimboni, Cohello, H. Lewis, Gandolfo, Penna, Stanchi, Castro, Williams, Ángel Salvo, Alderico Valsecchi y Marcos Cerecero, que dieron forma a los primeros éxitos futbolísticos del conjunto trelewense.
En aquellas épocas se destacaron los jugadores Mendives, Sagués, Martínez, Molina, Ghio, Santos, González, Quiroga, De Bernardi, Quaglia, Gargiulo, Vitores, Wolhers, Binder, Puértolas, Sandín, Rogers, Tomaselli, Arévalo, Parry, Santoro y Martelli.
El plantel que le dio el primer campeonato de Liga del Valle a Independiente estaba integrado, entre otros, por Robles, Camcaburu, Perea, los hermanos Bonicatto, Bardeira, Montenegro, Steppa, Margusino, Febrero, Fernández y Furci.
Como campeón del Torneo Oficial de 1971 de la Liga de Fútbol Valle del Chubut, Independiente ganó el derecho a intervenir en el Torneo Regional 1972, integrando el Grupo 3 junto a All Boys (Santa Rosa, La Pampa), Chocón Lauquen (Villa El Chocón, Neuquén), Cipolletti (Cipolletti, Río Negro), Ferrocarril Yacimientos Carboníferos Fiscales (Río Gallegos, Santa Cruz), Huracán (Comodoro Rivadavia, Chubut), Rosario Puerto Belgrano (Punta Alta, Buenos Aires) y Villa Congreso (Viedma, Río Negro).
El Rojo campeón de aquel Regional estaba compuesto por los jugadores Parsechian, Oca, Hompanera, Fernández, Manícler, Salomón, Behr, Robledo, Paz, Montero, Cárdenas, Llenderosa, Bersán, Soto, Cominetti, Fiandino, Figueroa, Luque, Noce, Tamargo, "Chiche" Morón y Roldán.
[7] Consumados el título y la clasificación, el conjunto rojinegro se aprestó rápidamente a prepararse para la disputa del Campeonato Nacional.
El resto de los equipos que compartieron la Zona A junto al equipo chubutense fueron Atlanta (Capital Federal), Bartolomé Mitre (Posadas, Misiones), Gimnasia (La Plata, Buenos Aires), Independiente (Avellaneda, Buenos Aires), Lanús (Lanús, Buenos Aires), River Plate (Capital Federal), Rosario Central (Rosario, Santa Fe), San Lorenzo de Almagro (Capital Federal), San Lorenzo, (Mar del Plata, Buenos Aires), San Martín (San Miguel de Tucumán, Tucumán) y Vélez Sarsfield (Capital Federal).
Bajo la gestión del presidente Alfredo García (1978-1983) se construyó e inauguró el gimnasio que lleva su nombre en honor al mismo.
En 1984 Independiente se alzó con el Torneo Oficial, y posteriormente con el Preparación 1987, tras lo cual inició un largo período de sequía ganadora que lo vio relegado del título durante veintidós años.
Por cuestiones económicas declinó de participar en el Torneo del Interior 2010, aunque sí intervino en la edición 2011, otra vez con Giordanella como director técnico.
Esta vez fue encuadrado junto a Germinal, Petroquímica (Comodoro Rivadavia) y su clásico rival, Racing, en la Zona 81.
Luego asumió Jorge "Coco" Bersán, exjugador del club, que conformaba el plantel cuando Independiente ascendió al Campeonato Nacional 1972 (Argentina).
Cuando Jorge Bersán renuncia a su cargo asume como DT de nuevo y por tercera vez Jaime Giordanella.
Históricamente el club rojinegro ha mantenido rivalidad con otros equipos de la Liga del Valle, como Germinal, Deportivo Madryn, Guillermo Brown y su coterráneo Huracán (Trelew).
Vencido el contrato, una nueva mudanza obligó al club a disputar sus partidos en un terreno prestado, hacia el norte del Barrio Don Bosco.