Destacó principalmente como entrenador llegando a forjar una prestigiosa carrera, ganando una notable cantidad de títulos tantos nacionales como internacionales en diferentes clubes, especialmente en la Argentina.
En el ámbito nacional consagró al conjunto «xeneize» con un bicampeonato de la Primera división en el año 1976, siendo este el segundo para el Toto.
Además ganó dos títulos internacionales con Boca, dos Copa de Confraternidad Escobar-Gerona en 1945 y 1946.
Tras lograr el quinto lugar en el Mundial con Argentina, volvió a dirigir en su país natal, esta vez en River Plate, un breve paso que no duró más de un año le bastó para volver a la Lazio.
En Inglaterra el equipo logró pasar la primera fase y fue eliminado por la selección local, que posteriormente se consagraría campeona, en un partido con un arbitraje dudoso.
Al término del partido el entrenador inglés Alf Ramsey, hizo el famoso comentario «Los argentinos juegan como animales».
Juan Carlos Lorenzo falleció a los setenta y nueve años en Buenos Aires.