Tampoco la época de su fundación, que las fuentes literarias sitúan en el siglo VIII a. C., mientras que las fuentes arqueológicas vinculan con la cercana Emporion (Ampurias) no antes del siglo V a. C. También el culto a Artemisa asocia a ambas colonias.
Según nos transmiten las evidencias históricas, esta colonia llegó a tener una gran importancia mercantil.
Estas monedas llevaban por una cara una rosa, y por la inversa la cabeza de la ninfa Aretusa, junto con la leyenda "rodeton".
Los griegos llevaron a la zona diversas tecnologías, como tejer cestas, hacer sogas y construir molinos de piedra para moler cereales.
En el año 216 a. C. llegaron por mar cerca de setenta barcos con 1800 caballos y 36.000 infantes.
Catón saqueó la ciudad y luego combatió contra cartagineses e indígenas, quienes perdieron ante el ejército romano, compuesto aparentemente por 17.500 combatientes que causaron, según nos transmite la historia, unas 40.000 bajas enemigas.
El comercio floreció considerablemente convirtiéndose en una de las cinco poblaciones mayores del distrito ampurdanés.
La villa tomó importancia como centro comercial, dadas las favorables condiciones que tiene la bahía, convirtiéndose también en un objetivo militar a defender de piratas sarracenos y franceses, lo que dio lugar a la construcción de la ciudadela de Rosas, fortificación del siglo XVI mandada realizar por el rey Carlos I, el año 1552, siendo sitiada, modificada, reformada y arreglada en sucesivas ocasiones (1645–1659, 1794–1795), hasta la invasión napoleónica (Guerra de la Independencia, 1808–1814), a cuya finalización el ejército francés dejó la ciudadela inutilizable para fines militares.
La importancia económica y estratégica que había conseguido explica que el pueblo fuera fortificado, en 1402, para protegerse de los ataques piratas por el mar y de invasiones francesas por tierra, constantes siempre en su historia.
El museo está dividido en tres ámbitos diferenciados: recinto, sala museo, sala de exposiciones y vestíbulo central, donde se han incluido los espacios destinados a servicios, cafetería, tienda, recepción y atención al visitante.