Era hijo del prestigioso protomédico José Felipe Flores y llegó a vicejefe del Estado de Guatemala, cargo que ostentaba cuando fue salvajemente linchado por una turba fanática que lo había acusado de hereje en Quetzaltenango.
[1] Por si esto fuera poco, el coronel José Pierson, comandante de las fuerzas altenses, quien necesitaba caballos para desplazar la tropa hacia Patzún elaboró un listado de los vecinos que tenían caballos en sus casas y ordenó a algunos de sus oficiales que esa misma noche los sacasen por la fuerza.
Ante esta situación, el alcalde de la ciudad —Pedro Ayerdi— y el regidor —Tomás Cadenas— fueron a la casa de Flores, que entonces se hallaba en aquella población, igualmente que los Diputados a la Asamblea del Estado, a consecuencia de las ocurrencias con el Presidente de la Federación, Manuel José Arce y Fagoaga, y éste, una vez informado se dirigió al convento franciscano.
Pero la presencia de Flores Estrada empeoró la situación y se empezaron a escuchar gritos de «muera el tirano, muera el hereje, muera el ladrón», y Flores optó por refugiarse dentro del convento, frente a la celda del Padre Cura Fray Antonio Carrascal.
José María Marcelo Molina y Mata —quien gozaba de prestigio entre los quetzaltecos— intentó salvar al Vicejefe, quien acompañado del Padre cura se había refugiado dentro del púlpito, pero cuando la turba enardecida descubrió sus intenciones, le gritaron: «Muera el hereje, y usted no se meta a defenderlo, porque también corre peligro».