Habiendo sido elegido miembro de la Royal Society en 1737, por esa expedición obtuvo la medalla Copley en 1742.En 1726 su entusiasmo por la observación científica se vio refrendado cuando la Royal Society, en su Philosophical Transactions, publicó una comunicación suya titulada «New and exact table collected from several observations, taken in four voyages to Hudson’s Bay... shewing the variation of the magnetical needle... from the years 1721, to 1725» [Tabla nueva y exacta recogida de varias observaciones, tomada en cuatro viajes a la bahía de Hudson.. mostrando la variación de la aguja magnética... desde el año 1721 a 1725].Como le dijo a Dobbs en febrero de 1738, «mantienen todas las cosas en secreto; y por algunas preguntas que me han hecho últimamente, encuentro que parecen sospechar de mi correspondencia con usted».En mayo de 1740, justo antes de navegar a la bahía de Hudson en el que iba a ser su último viaje para la HBC, le escribió a Dobbs con noticias alentadoras: Jorge II había sido abordado por Wager y le había dado su bendición a la empresa: al año siguiente partiría una expedición naval en busca del paso del Noroeste, en el entendimiento de que sería comandada por Middleton.El mismo día, el teniente gobernador de la HBC informó al comité de que Middleton había renunciado, y en abril, el gobernador advirtió a los accionistas de que la próxima expedición «podría afectar a su propiedad y ser perjudicial para la sociedad en su comercio».Middleton había persuadido a antiguos compañeros de la HBC para que navegasen con él, incluyendo a su primo y antiguo piloto jefe, William Moor, que tomó el mando del HMS Discovery, pero para el resto tuvo que confiar en anuncios en la prensa para completar la tripulación.[6] señalaba un informe de Almirantazgo, y se mantuvieron bajo estrecha vigilancia para evitar la deserción.Después de un intenso intercambio de ásperas cartas con varios departamentos del gobierno, la HBC capituló y ordenó a sus factores en la bahía dar a Middleton «la mejor asistencia en su poder».[7] Durante esas arduas semanas Middleton sufrió además la muerte de su esposa.Una vez atravesado el pasaje Middleton debía de hacer un reconocimiento rápido y volver, para que fuese enviada una expedición más completa para garantizar sus descubrimientos.La visión de una corta ruta comercial hacia el este, que había atraído a tantos marineros ingleses hacia las bahías y ensenadas heladas de América del Norte, era todavía atractiva, pero por el momento, Middleton tenía problemas más inmediatos.[9] El estrecho de Roes Welcome era una entrada cerrada, cuyo extremo norte Middleton bautizó como bahía Repulse, y los remolinos de la marea no venían del Pacífico, si no a través de un estrecho helado localizado en su extremo noreste, que Middleton denominó en consecuencia como estrecho Frozen.En 1747 se vio involucrado en un incidente durante el cual golpeó a su contramaestre, y el investigador oficial concluyó : «me temo... es apasionado, que le he dado una fianza de».La medalla Copley fue legada al niño, y sus libros e instrumentos, y una suma no especificada en anualidades del Mar del Sur, las dejó por igual a los tres hijos en común.Los valores parecen pequeños, pero indicarían que, si bien Middleton puede haber vivido en circunstancias difíciles durante su pase al retiro, por lo menos no murió en la miseria.
Mapa de la isla Southampton, en cuya ribera occidental realizó sus descubrimientos Middleton