Hizo muchos dibujos durante su convalecencia y decidió que se convertiría en artista.
Su pintura Gården ved bageriet i Kastellet (h. 1832) cuelga en el museo Ny Carlsberg Glyptotek de Copenhague.
Pintó un retrato de Sødring que actualmente cuelga en la Colección Hirschsprung.
Viajó, junto con Constantin Hansen el año siguiente a Nápoles, Sorrento, Pompeya y Capri, donde pintó al aire libre.
Regresó a casa en el año 1840 con una gran colección de esbozos para usar más tarde como inspiración.
Dos años más tarde murió su padre, en 1843 la familia vendió la propiedad en las afueras de Copenhague y Købke regresó a la ciudad.
Su solicitud para ser admitido en la Academia, que estaba acompañada por uno de sus paisajes italianos fallidos, fue rechazada en 1846.
Pero en vida fue casi olvidado, especialmente debido a su temprana muerte y limitada producción.
Sus obras están en las colecciones no sólo de los museos daneses sino también en otros internacionales como el J. Paul Getty Museum.