Aunque la situación más grave para la superveniencia del pequeño camposanto se dio cuando el Ayuntamiento quiso vaciarlo y trasladar los restos de los fusilados al Monumento a los Héroes del Dos de Mayo, circunstancia que finalmente pudo evitar la Sociedad Filantrópica.

La rehabilitación, llevada a cabo por el arquitecto Antonio Lopera, duró tres meses, con un coste de 120.000 euros aportados por el Ayuntamiento, y fue inaugurada por el alcalde Alberto Ruiz-Gallardón el 24 de abril.

Finalizados los enfrentamientos entre los patriotas madrileños y los soldados franceses, varios cientos de detenidos serían fusilados en la madrugada del día 3.

De los cuarenta y tres, solo se conocía con seguridad el nombre de diecinueve hasta que en 2008 fueron identificados otros diez más por el historiador Luis Miguel Aparisi; todos ellos figuran en una nueva lápida inaugurada en este año.

Sus nombres, más algunos datos que se sabe sobre ellos, gracias a una lista elaborada en 1816 y a las reclamaciones que sus familiares hicieron para cobrar una pensión, son:[2]​ Durante mucho tiempo se creyó que la heroína del Parque de Artillería de Monteleón, Clara del Rey, fue enterrada aquí, pero posteriormente se ha descartado.