Estos arribaron a Cuautitlán el 14 de julio del mismo año, eligiendo a este poblado como residencia dado su estatus político y lo cuantiosa de su población.No quedan restos del primer templo, pues sobre su eje fue construido el segundo y actual catedral de Cuautitlán, y el terreno ocupado por el primer monasterio fue ocupado en parte por el templo de la Tercera Orden y la capilla de la Inmaculada Concepción.Es que es visible al costado derecho del templo actual, en donde hoy en día se encuentra la sala capitular, las oficinas parroquiales espacios destinados a la residencia.Este segundo conjunto conventual, recibió poco o nulo mantenimiento durante el resto del sigo, por lo que en 1804 el párroco José Antonio Frera hizo una compostura de la bóveda, dado su estado ruinoso.El altar principal junto con los laterales fueros desmantelados en 1901 por el ímpetu innovador del encargado del templo José G. Huitrón quien dispuso que fuesen retirados y cortados para poder ser trasladados y reubicados en San Martin Tepetlixpan, Santiago Tepalcapa y San Francisco Magú.Un estudio realizado en 2013 por Elsa Arroyo Lemus, haciendo uso de herramientas tecnológicas como fotografía especializada y microscopía dio por conclusión que la Coronación de la Virgen no fue obra del artista Martín de Voz, así mismo se confirmó a las otras dos no firmadas como labor del pintor flamenco.Por ello la entrada original la apreciamos al costado de la torre del campanario, siento de un solo cuerpo, con arco clausurado y un entablamento coronado por frontón curvo roto, esta entrada fue clausurada para dar entrada a la capilla desde el interior del nuevo templo.
Retablo principal la catedral, fotografiado en 2018.
La cruz atrial es de piedra de una sola pieza, labrada con los símbolos de la Pasión y con flores ornamentales. Deja ver al fondo la torre de la catedral de Cuautitlán
