Respetando los cánones arquitectónicos de los Benedictinos clunicenses, los trabajos fueron dirigidos por Nuno Paio.

Más antiguos serían los absidiolos, hoy en el exterior norte, y tal vez algunos elementos del transepto.

El edificio continuó siendo modificado con algunas intervenciones artísticas, siendo particularmente significativa el exonártex, mandado construir, en la fachada, por Jorge da Costa en los primeros años del siglo XVI y que vendría a ser concluida por Diogo de Sousa.

Este último mandó hacer las rejas que ahora la cierran, teniendo aún alterado el pórtico principal, (destruyendo dos de las arquivoltas) y mandado ejecutar el ábside y la capilla mayor, obra de Juan del Castillo datada en el inicio del siglo XVI.

El templo románico definitivo tenía una fachada clásica, flanqueada por dos torres campanario donde se abre el portal principal.

Los elementos esenciales de esta traza todavía se conservan hoy, excepto la cabecera.