En respuesta a esta política, una poderosa flota hanseática atacó el castillo y la ciudad en 1428.

Durante el reinado de Cristóbal de Baviera se creó un archivo administrativo en el castillo y en 1582 todos los archivos del reino se reunieron en una bóveda del mismo.

Los diferentes reyes modificaron el castillo con ampliaciones, pasillos, torres de escalinatas, entre otras cosas.

También Cristián II hizo modificaciones, entre las cuales estuvo la construcción de una nueva capilla en el castillo.

Con este motivo, el rey adquirió un magnífico retablo tardogótico —un políptico de 5 partes— construido en Amberes hacia 1520.

Este retablo fue donado en 1728 a la iglesia dominica de Viborg, donde aún permanece.

Después del asedio de 1535-1536, era evidente que el castillo era anticuado como fortificación.

Esta expansión continuó con Federico III, quien construyó entre otras cosas establos y la Biblioteca Real.

Durante mucho tiempo, el castillo de Copenhague era considerado como la residencia más pobre de una monarquía europea y era una espina no sólo para la familia real danesa y su reputación internacional, sino también para el pueblo.

A principios del siglo XVIII el castillo fue renovado por Federico IV.

Se rellenó el foso y el plano del castillo, que hasta entonces era irregular y tenía varios edificios adyacentes, se modificó en una planta de cinco lados siguiendo las pautas barrocas.

La torre azul permaneció en pie, pero se expandió desde la puerta principal hasta el patio del castillo.