Cristián II tuvo fuerte apoyo del campesinado, así como en las ciudades de Copenhague y Malmö.

Por lo tanto, a finales de marzo, la nobleza y el alto clero, los prelados proclamaron como nuevo rey al tío de Cristián II, Federico I, y el primero tuvo que escapar a los Países Bajos.

El rey sueco, Gustavo Vasa, aprovechó la ocasión para intentar invadir algunas provincias danesas, al mismo tiempo que las ciudades de Malmö y Copenhague mantenían su apoyo a Cristián II y fueron sitiadas por el ejército del rey danés.

[2]​ Sin embargo, los campesinos, que habían sido favorecidos con las políticas de Cristián II, organizaron rebeliones en todo el país.

[5]​ Los predicadores evangélicos fueron autorizados para realizar su actividad por todo el país y con la protección del rey se crearon varias congregaciones luteranas en las ciudades comerciales danesas.

[5]​ En Malmö, las congregaciones contaron con el apoyo de los alcaldes Jørgen Kock y Jep Nielsen.

[6]​ Varios otros monasterios fueron abandonados hacia 1530 y únicamente el cabildo catedralicio de Lund ofreció resistencia.

[7]​ En su lucha contra Cristián II, los reinos nórdicos habían recibido ayuda de Lübeck, que procuraba excluir a los comerciantes neerlandeses del Mar Báltico.

En este nuevo gobierno, pronto tomó ventaja la facción conservadora del clero y la nobleza, que trabajó para que toda la organización eclesiástica volviera a estar bajo la égida de Roma.

Como esa iniciativa también fracasó, la ciudad alemana cambió su estrategia y decidió aprovecharse de la situación turbulenta en Dinamarca para reinstalar a Cristián II —popular entre el campesinado— en el trono y dirigir su gobierno desde Lübeck.

[7]​ El conde Cristóbal arribó poco después con una flota de Lübeck al estrecho del Oresund y desembarcó en Selandia.

[10]​ También Fionia fue conquistada rápidamente y Cristóbal continuó hacia Jutlandia, donde había estallado una rebelión campesina en apoyo de Cristián II.

Sin embargo, también en Jutlandia había reunido sus tropas el duque Cristián en espera del contraataque.

Lübeck se acercó al duque Alberto VII de Mecklemburgo-Güstrow para obtener mayor apoyo en la guerra, ofreciéndole la corona danesa en recompensa, lo que desaprobó el conde Cristóbal.

Los prelados y la alta nobleza se vieron en la necesidad de solicitar préstamos cada vez mayores a Lübeck.

El ejército escanés, que había marchado hacia Vä, se encaminó también a Helsingborg.

[12]​ Cuando las tropas nobles se acercaron al castillo la mañana del 13 de enero, los cañones del castillo abrieron fuego, pero contra el ejército burgués, pues Krabbe se había aliado secretamente con los nobles.

[13]​ La situación produjo gran pánico en el ejército burgués, que rápidamente pudo ser derrotado.

El cabildo catedralicio y los conventos pudieron continuar con sus actividades hasta que fueran reformados.

También exigió que siete consejeros reales, todos escaneses, escribieran cartas en las que juraban fidelidad al monarca, como consecuencia del cambio de bando de la nobleza escanesa durante la guerra.

Una nueva organización eclesiástica fue elaborada en 1537 por órdenes del monarca, que se implantó de forma definitiva en 1539.