Assens fue al menos desde la Edad Media una localidad fortificada y un importante sitio de cruce en el Pequeño Belt, entre Fionia y Jutlandia, lo que tuvo un efecto positivo en el comercio.

Posiblemente Assens haya tenido estatus de ciudad comercial (købstad) desde el siglo XIII.

Durante la Guerra del Conde, Assens fue atacada por Cristián III y sus murallas fueron derribadas.

Cristián IV volvió a fortificarla, pero la invasión sueca de 1658 arrasó la ciudad.

La industrialización no llegó realmente a Assens sino hasta 1884, con la inauguración de una línea privada de trenes que comunicó la ciudad con Tommerup, donde era posible el transborde a Odense.