La Casa Mudéjar hunde sus raíces en cinco viviendas antiguas que han ido uniéndose hasta crear un solo emplazamiento.

Además, dividió la exposición en nueve salas y tres patios ordenados cronológicamente desde la Prehistoria hasta la Edad Moderna.

Gracias a un documento se conoce que estos murales fueron mandados en 1500 por Antonio de Córdoba, caballero veinticuatro de la ciudad, al pintor Pedro Romana, quien ejecutó dos tercios y el resto fue realizado por Pedro Fernández.

[2]​[3]​ No obstante, con el paso de los años y las diversas excavaciones que se estaban llevando a cabo, pronto las piezas comenzaban a ser demasiado numerosas para ser albergadas en la Casa Mudéjar, por lo que Samuel de los Santos dedicó sus últimos años en buscar una sede diferente, que finalmente resultó ser el palacio de los Páez de Castillejo, donde fue trasladado el museo en 1959.

[2]​[3]​ En 2006 fue creada la institución pública Casa Árabe con sede en Madrid y Córdoba.