En 1974, con 17 años, ingresó en Partido Comunista de España (PCE) y posteriormente se afilió a Comisiones Obreras en 1978.

Al término de su carrera universitaria, se integró en la asesoría jurídica del sindicato hasta 1985, año en el que, junto a otros compañeros, montó un bufete de abogados dedicado a temas mercantiles, laborales y matrimoniales.

Elegida diputada del Congreso por Córdoba, fue el rosto visible de la formación política en la Cámara Baja durante siete años, entre 1993 y 2000.

Fue elegida alcaldesa de Córdoba en 1999 merced a un pacto con el PSOE (Izquierda Unida obtuvo nueve concejales y el PSOE seis; superando los 14 concejales del Partido Popular), sucediendo a Herminio Trigo en el cargo.

[1]​ Aguilar convirtió al Ayuntamiento de Córdoba en la primera institución pública española en celebrar cada mes un pleno extraordinario contra la violencia de género, atendiendo la petición de la Plataforma contra la Violencia a las Mujeres, cuando la violencia contra las mujeres cobraba una mayor dimensión social.

[3]​ Ocupó el cargo un año y medio, al ser llamada para ser ministra en octubre de 2010.

[5]​ Su momento más difícil en el cargo ocurrió en 2011, en la llamada "crisis del pepino", con la aparición de un brote del síndrome urémico hemolítico en Alemania, causado por la bacteria fecal E. coli, que provocó 32 muertes.

Inicialmente las autoridades germanas culpabilizaron al pepino de origen andaluz, acusación que se demostró falsa.

También cuestionó el posicionamiento negativo de IU con respecto a la Constitución Europea.

[10]​ Sin embargo, su situación de enfrentamiento con sectores de IU se agravó al revelar que había votado a la candidata socialista al Senado, Maribel Flores.