[1]​ Su infancia transcurrió junto a sus padres y su hermano Andrés en el castillo de Ambras en Innsbruck.

Carlos era especialmente conocido por su fuerza física que destacaba entre otros hombres de su misma edad.

Después pasó a participar en las Guerras habsburgo-otomanas.

En concreto, en 1592 pasó a Hungría y la zona sur de las posesiones de los Habsburgo para combatir a los turcos, consiguiendo una victoria militar en Waitzen en 1597.

Tuvo distintos hijos ilegítimos con Chiara Elisa Isabella di Ferrero:[2]​ Sus hijos varones heredarían de su padre son grandes terrenos.