Fue hijo del matrimonio entre el archiduque Fernando (II) de Austria, conde de Tirol y archiduque en Austria Anterior, hijo del emperador Fernando I; y Philippine Welser.

Posteriormente, su infancia transcurrió junto a sus padres y su hermano Carlos en el castillo de Ambras en Innsbruck.

El año siguiente le sería asignado el título cardenalicio de Santa María la Nueva.

[4]​ Su primo el archiduque Alberto había sido nombrado gobernador de los Países Bajos españoles desde 1596.

Enfermó gravemente, llegando a recibir los últimos sacramentos de mano del propio pontífice Clemente VIII.