La empresa fue muy importante porque le devolvió a su ciudad "el orden y la belleza", tras los destrozos generados durante la guerra civil de 1889.Durante los primeros años del siglo XX, Restrepo fundó la revista Vida Nueva, desde donde hizo oposición al gobierno de Rafael Reyes Prieto.[9] También conspiró con colegas para derrocar a Reyes, y como abogado colaboró con su compañero Clodomiro con la defensa del político Enrique Olaya Herrera, quien fue encarcelado por el gobierno en Cartagena, logrando su absolución.Entre los cambios hechos se dispuso que la Asamblea elegiría al sucesor de González por medio del voto indirecto.[15] A pesar de su inmenso apoyo, Restrepo no era el candidato favorito, ya que era visto como "un periodista provinciano" adepto al republicanismo.Fue firmado el tratado Urrutia-Thompson con los Estados Unidos que indemnizaba a Colombia por la pérdida de Panamá con veinticinco millones de dólares y libre paso por el Canal para las naves colombianas, además reestableció las relaciones diplomáticas con ese país.[8] Creó la revista Colombia en 1916 donde tuvo una columna, hasta el cierre de la publicación en 1922.[28] Se caracterizó por anteponer los intereses del país a los de los partidos, bajo el lema "Concertación Nacional".Restrepo dejó el ministerio para ser designado como embajador de Colombia ante la Santa Sede,[15][30] donde su hermano Juan María ya llevaba varios años trabajando, y se le levantó la sanción de excomunión para que pudiera aceptar el cargo.Restrepo vivió en Roma hasta la terminación del gobierno de Enrique Olaya, en 1934.Se retiró definitivamente de la política para dedicarse a sus negocios, pero según su amigo Clodomiro, Restrepo llegó a sus últimos días en la miseria, dado que por la crisis económica tuvo que vender su casa y la hacienda familiar.[31] Sus restos se expusieron en cámara ardiente en la sede de la Asamblea Departamental de Antioquia en el Palacio Calibío, en ese tiempo sede del gobierno departamental, para sus respectivos honores póstumos, que fueron ampliamente concurridos por intelectuales, políticos, amigos, colegas y gente del común.Alrededor de las 10 a. m. y con lleno total comenzó la misa funeral del Expresidente y terminada la ceremonia se inició en el Parque de Bolívar otro cortejo fúnebre que llevó sus restos mortales hasta el Cementerio San Pedro donde fue sepultado.Estas actitudes laicistas le valieron que fuera excomulgado por las autoridades eclesiales.Tanto de Restrepo como Mutis participaron en la Expedición botánica, que fue determinante en la Ilustración criolla.Carlos estaba casado con Isabel Gaviria Duque, con quien contrajo nupcias el 16 de abril de 1890, y con quien tuvo a sus 9 hijosː Tulia, Carlos Ignacio, Sofía, Margarita, José Mario, Ana, Adolfo, Vicente e Isabel Restrepo Gaviria.Su hija Margarita se casó con el poeta, escritor y filósofo Fernando González, autor de Viaje a Pie, unión de la cual nació el político y escritor Simón González Restrepo.La declaración del cementerio como monumento se dio en 1999 bajo el gobierno de Andrés Pastrana.Su empresa, la Sociedad de mejores públicas de Medellín, continuó con importantes obras que aún existen el Aeropuerto Olaya Herrera, el Hotel Nutibara y la Biblioteca Pública Piloto.
Restrepo en septiembre de 1910, a un mes de su elección presidencial.