En memoria suya dos colegios nacionales del Perú llevan su nombre: uno situado en el distrito de Los Olivos, Lima, y otro en Ica, su tierra natal.
Fue en esos años, cuando motivado por José Alvarado y Luis Felipe Alarco, formó con ellos una asociación literaria a la que le pusieron el nombre de "Vertical".
Dispuso también la reedición facsimilar del famoso Mercurio Peruano, publicación de la época colonial que tuvo mucha influencia en la formación del concepto de la patria peruana (en 12 volúmenes, 1964-66).
En 1967, Carlos Cueto Fernandini fue candidato a Diputado de Lima por Acción Popular en las elecciones complementarias para elegir al sucesor del fallecido literato y Diputado acciopopulista Ciro Alegría, pues la vigente Constitución Política de 1933 no preveía ante esta circunstancia el obligatorio reemplazo por un correligionario suyo (lo que posteriormente sería subsanado por la Constitución Política de 1979).
Se casó con Lilly Caballero, docente, con la cual tuvo tres hijos: Alonso (n. 1954), Marcos (n. 1957) y Santiago (n. 1960).
El primero, Alonso Cueto Caballero, es literato autor de novelas y cuentos que han sido traducidas a varios idiomas; el segundo, Marcos Cueto Caballero es historiador y docente universitario, y el tercero, Santiago Cueto Caballero, es psicólogo e investigador en educación.