Sin embargo, ambos edificios se muestran independientes hoy en día, y sus estilos son diferentes, pues mientras la Capilla Real presenta formas del gótico final, la catedral se construyó según la nueva estética renacentista.

Se ve el coro a los pies con arco carpanel y sotocoro.

En el camino al presbiterio se crea un efecto lumínico preconcebido como idea para simbolizar el sol y la luz con la justicia (sentido albertiano-neoplatónico).

Existe una jerarquización del transepto dedicado a mausoleo separada por una monumental verja decorada forjada por Maestro Bartolomé.

La cripta en sí es un espacio reducido, conformado por una bóveda de cañón desnuda.

Hoy funciona como entrada de acceso al conjunto y puede visitarse, tanto por su interés arquitectónico (la fachada, los artesonados) como por los objetos que expone en su interior (pinturas, mobiliario).

Para acceder al cargo, los aspirantes debían someterse a concurso público con duras pruebas de composición y conocimientos musicales, cuyo resultado solo podía ser la concesión de la plaza a auténticos artistas.