El poder ejecutivo del cantón es desempeñado por un ciudadano con título de Alcalde de Mocache, el cual es elegido por sufragio directo en una sola vuelta electoral sin fórmulas o binomios en las elecciones municipales.

Actualmente la alcaldía de Mocache le pertenece a Yenny Domínguez.

El poder legislativo del cantón es ejercido por el Concejo Cantonal de Mocache el cual es un parlamento unicameral que se constituye al igual que en los demás cantones mediante la disposición del artículo 253 de la Constitución Política Nacional.

[3]​ El cantón Mocache posee cinco concejales, los cuales son elegidos mediante sufragio (Sistema D'Hondt) y duran en sus funciones cuatro años pudiendo ser reelegidos indefinidamente.

Los cinco ediles, representan a la población urbana y rural del Cantón.